废水、污水中的有机物处理，并不只有生化处理，物化处理同样可以取得良好的处理效果。但是，为什么目前大型污水处理厂都会采用生化处理，特别是活性污泥法呢？这个主要是从成本方面考虑的。
对于有机物浓度较低(COD浓度在10000mg/L以下的)的情况，采用物化处理法将消耗大量化学药品，处理费用高昂。相反，通过微生物代谢活动来降解有机物，其处理成本就低得多。
通常以生化处理为主的污水处理厂每吨水处理成本在0.3~0.9元之间，而物化处理每吨水成本在4元以上也很正常。生化处理适合大流量污水、废水，这对降低运行成本极为有利，因为增大进水流量和底物浓度可以由微生物不断增加的生物数量来对应，而为保证微生物数量上升所对应的能源消耗并不是呈比例增加，这就是生化系统处理大流量污水提供了保证。这正是生化处理系统在污水、废水处理中广泛运用的原因。
