污染物质进入环境后,一般都可被微生物氧化降解,使污染物质的浓度逐渐下降，直至消除，使环境又恢复到原来的本底状况。微生物作为分解者，在污染环境里可充当清洁工的作用，污染物质被微生物转化形成无机物，从而消除污染，改善环境。

    有机污染物的生物降解性差别很大。有的很容易被微生物降解，而且降解速度甚快。如活性污泥与葡萄糖、木糖、麦芽糖混合经曝气处理后，这些糖类能立即从废水中去除。微生物降解有机物质能力的多样性，给利用微生物处理不司的工业废水提供了可能性。通过多样性研究，能够针对不同污染物质的结构特点建立适宜的生物处理系统，开发出高新技术，从而提高污染物质降解能力。

    假单胞菌属的各种细菌降解有机物的能力很大，在各种不同污染物质的废水处理中几乎有都有假单胞菌存在。在废水处理中也可以筛选或驯化降解特定污染物质的菌种，这样可以提高处理能力和处理效果。例如，氰化物对很多微生物有强烈的毒性，在低浓度下就能杀死和抑制很多种微生物，但在自然界中也存在一些能利用氰为碳源和氮源的微生物，可把氰分解。通过筛选这些微生物，并把它们用于处理含氰废水，可取得较好的效果。

    上海某石油化工总厂筛选出珊瑚诺卡氏菌(Nocardia Carllina)，用于处理含氰和遭受烯腈废水，取得了比较好的处理效果。又如，增塑剂是难以被微生物降解的物质，排放后可污染环境，对人体危害很大。所以有人采用了以上方法对废水进行了预先处理，后便将难以降解的物质分解。此外还有人通过活性污泥驯化，用以降解增塑剂，取得了24h降解67%~99%的结果。