针对制药废水的有机物种类繁多的特点，对它的处理多采用生化处理。其生化处理主要有活性污泥法、SBR法、生物接触氧化法、UASB法及光合细菌处理法。

    SBR法又称间歇式活性污泥法，它是经多个反应器组合而成的，具有间歇性的（时间间歇或空间间歇）的生物处理方法。它自带曝气、沉淀及排水工序，不需要另置调节池调节进行预处理，它比普通活性污泥法更适合变化大的制药废水。它所产生的泥量少、便于操作、成本低，不过它会产生大量泡沫，影响污泥的沉降性能、造成固液分享时间长的缺点。

    生物氧化接触法是一种介于活性污泥法与SBR法的生物处理法，这种生物处理方法水中的氧气充足，对水量及水质变化比较大的制药废水的适应性比较强，池内的填料在曝气的作用下可以与污水完全接触，不会造成污泥膨胀，增加负荷能力，便于运作。

    UASB法是有别于活性污泥处理法的上流式厌氧污泥床，它能够很好地对有机废水进行固液、气分离，将生化后的污泥颗粒化。不过目前这种方法仍不成熟，且其属于厌氧处理，其操作比较难，出水水质一般需要经过后处理后才排放。