目前已经对丝状菌膨胀的原因及主要影响因素有了一定的认识。但是，就对策方面，各类文献和专题论文都没有给出一个很好的处理对策，主要原因还是有以下几方面：

    1.丝状菌和菌胶团对环境和食物要求的区别性不高。如同人得了癌症一样，人体自身不能够确认癌细胞的敌对性，而任其生长，在治疗时由于不具备特异性而不能通过药物进行有效控制，强行用药的结果就是正常细胞的受损，使得病人体质逐渐降低。同样的道理，丝状菌存在于活性污泥内以后，由于和菌胶团的区别性不大，在改变活性污泥工艺参数的情况下，往往不能在较短的时间内取得良好的效果，而需要几个月甚至几年的长期反复调整才能有效地抑制活性污泥中丝状菌的膨胀程度。

    2.通过工艺调整应对丝状菌膨胀的稳定性不足。我们通常会看到，因为工艺控制参数长期偏离正常值，所以导致丝状菌膨胀的发生。那么通过调整活性污泥的工艺参数，岂不是就可以抑制丝状菌膨胀的发生了吗？其实理论是如此，实际在较长的工艺参数稳定调整的过程中，是否真的保证了工艺控制参数在正常的范围内了呢？恐怕也是很难做到的。

    3.丝状菌自身特点方面的影响。通过对丝状菌的研究发现，丝状菌对环境的适应性，大大超过正常菌胶团的适应性。这不仅仅表现在丝状菌对恶劣环境的适应性，更主要的是丝状菌能够通过变异来强化对环境的适应性。当丝状菌长期处于中度膨胀以上的程度时，经过自身演变和适应，丝状菌会就环境的适应性提高自已的生存能力，典型的就是在丝状菌体上长出稀疏的旁支，这些旁支虽然细而短，却可以使丝状菌在整个活性污泥内占据更主导的优势地位，同时各种针对性地杀灭丝状菌的动作对其的抑制效果将大大降低。

    4.丝状菌彻底杀灭的高难度性。丝状菌大量繁殖后，我们会采用很多方法来杀灭或抑制丝状菌的繁殖，但是往往效果不佳。究其原因除了上面的因素外，丝状菌作为整个活性污泥系统的一部分，不但分布于活性污泥系统内，有的情况下也会在无废水处理的内循环系统中存在。比如说排泥后回流到调整池，继而经过物化系统又回流到生化系统内，而存活于物化系统的丝状菌在我们进行绞杀丝状菌时往往被忽略。继而在一个绞杀丝状菌的循环后，又可以通过来自物化段的丝状菌接种而在生化系统内大量繁殖。为此，如果没有在整个污水、废水处理系统内对丝状菌进行绞杀的话，想要彻底杀灭丝状菌是相当困难的。