启动后，厌氧消化系统的操作与管理主要是通过对产气量、气体成份、池内碱度、pH值、有机物去除率等进行检测和监督，调节和控制好各项工艺条件，保持厌氧消化作用的平衡性，使系统符合设计的效率指标稳定动作。

    保持厌氧消化作用的平衡性是厌氧消化系统运行管理的关键。厌氧消化过程易于出现酸化，即产酸量与用酸量不协调，这种现象称为欠平衡。厌氧消化作用欠平衡时可以显示出如下的症状：

    1.消化液挥发性有机酸浓度增高；

    2.沼气中甲烷含量降低；

    3.消化液pH值下降；

    4.沼气产量下降；

    5.有机物去除率下降。诸症状中最先显示的是挥发性有机酸浓度的增高，故它是一项最有用的监视参数，有助于尽早地察觉欠平衡状态的出现。其他症状则因其显示的滞性，或者因其并非专一的欠平衡，故不如前者那样灵敏有用。

    厌氧消化作用欠平衡的原因是多方面的，如：有机负荷过高；进水pH值过低或过高；碱度过低，缓冲能力差；有毒物物质抑制；反应温度急剧波动；池内有溶解氧及氧化剂存在等。

    一经检测到系统处于欠平衡状态时，就必须立即控制并加以纠正，以避免欠平衡状态进一步发展到消化作用停顿的程度。可暂时投加石灰乳以中和积累的酸，但过量石灰乳能起到杀菌作用。解决欠平衡的根本办法是查明失却平衡的原因，有针对性地采取纠正措施。