生物脱氮除磷工艺中，都需要满足厌氧、缺氧、好氧交替组合的工艺布局，其目的就是为了营造脱氮过程中的好氧硝化、除磷过程中的好氧过程吸磷；而在缺氧段实现脱氮反硝及厌氧段的聚磷菌充分释磷。当然，目前也有同步硝化、反硝化工艺的出现，也就是不设缺氧段，直接达到同步硝化、反硝化的效果，其本质是利用了菌胶团内外的溶解氧差，间接满足微生物缺氧、好氧交替而实现生物脱氮的目的。

1.生物脱氮处理的过程

    脱氮是在微生物的作用下，将有机氮和氨氮转化为氮气和氧化氮气体的过程。首先，有机氮在微生物的作用下氧化分解转化为氨氮(NH3-H)，即所谓的氨化作用，而后经过好氧段硝化过程转化为亚硝酸盐、硝酸盐，最后通过缺氧段反硝化过程将硝酸盐转化为氮气而进入大气。至此，整个污、废水的生物脱氮过程完成。

2.生物除磷过程

    生物除磷过程如下：聚磷菌在厌氧段为了维持细菌生命活动，充分释放积聚于体内的多聚磷酸盐来获得能量。而此部分细菌再次回到好氧段时，将会过量的吸收、储存来自水体中的磷。期间通过排泥，可以将富含磷的微生物排出污废水处理系统，由此，即可将废水中的磷给予去除，达到生物除磷的效果。