水体污染不仅仅是来源于生活、生产所带来的水体污染，还来源于另一种自然污染。水体自然污染是指水体在自然界中由于火山灰、树叶飘落等天然的物理、化学和生物的过程中所受到的污染。水体自然污染可能会造成水体富营养化等污染。

     水体自然污染一般是通过水体的自净能力对其进行净化处理。而对于污染性严重的水体则多采用氧化塘生物氧化处理进行净化。它可分为好氧塘、厌氧塘、曝气塘及水生植物塘、生态塘等微生物的不同供氧方式和功能进行水体净化处理。

     水体自然污染采用自净法是最佳的污水处理法，它不会产生二次污染和处理费用。但是水体的自净能力是有限的，超过水体的自净能力就要对它进行生化、物化或是化学处理。