废水经过一级物理处理及二级化学处理后仍无法达到回用的标准而进行的更深层次污水处理叫做废水深度处理。这种造纸废水的深度处理一般是采用三级处理或多级处理工艺进行COD、BOD、氮、磷等的去除，使污水达到可以回用于生产或生活的标准。造纸废水的深度处理是在二级处理中没有除去的悬浮物及溶解性物质通过物理、化学及生物按回用标准进行处理。

造纸废水的絮凝深度处理

  这是一种采用絮凝剂在水中产生吸附絮凝作用将水中流动或悬浮的颗粒物质、重金属离子高度电中和架桥吸附作用，从而达到净化水质的目的。

造纸废水的活性炭深度处理

  这是一种利用活性炭对经过二级处理后的原水采用物理法进行除嗅、去色、吸附重金属及有毒物质、放谢性有机物、农药等的处理。

造纸废水的膜分离深度处理

   膜分离处理法与活性炭法一样都是采用物理法去除水中污染物。膜分离的反渗透主要用于去除总溶解性固体，而超滤膜分离则是对水中的COD与BOD大分子进行去除。微滤膜分离法是利用微滤膜对水中的细菌、病毒及生物进行去除，降低水中的磷酸盐含量。

造纸废水的生物深度处理

  这是一种采用微生物的氧化活动对水中的高浓度有机污染物与有毒物质进行降解成二氧化碳与水等无毒害物质。

  从水资源的节约来看，无论是生活污水还是工业法水在处理上都要求达到回收再利用，因此，对于它们的处理一般都会经过三级处理或多处理处理达标排放。